Regulaarne rongiliiklus Tallinna ja Paldiski vahel algas 1870. aastal. Esialgu Tallinnast Keilani sõitis rong ilma peatusteta. Esimesed vahejaamad ja peatuskohad hakkasid liinil ilmuma aastast 1972. Peale Tallinn - Pääsküla lõigu elektrifitseerimist 1924. aastal ning elektrirongiliikluse avamist hakkas reisijate arv kiiresti kasvama ning ühiskond nõudis uute peatuste avamist.
Kivimäe peatuskoht oli liikluseks avatud kohalike elanike soovil juba 3. novembril 1924. a. vaid 1200 meetri kaugusel Pääsküla jaamast ning see oli esimene peatuskoht elektriraudteel. Juba järgmisel kuul oli selge, et uue peatuskoha avamine mõjus raudteele positiivselt, mis omaette soodustas uute peatuskohtade avamist Tallinn - Pääsküla raudteeliinil.
Aastal 1932 sai lõpuni ehitatud Nõmme - Pääsküla jaamavahe teine peatee ning aastal 1933 oli seal elektrirongide liiklus avatud. Aastal 1934 oli Nõmme - Pääsküla lõigul sidevahedina rakendatud poolautomaatblokeering. 1930-ndate alguses rajati Kivimäe tänava ülesõidukoht. Ülesõidu korraldaja tööpost paiknes I tee ääres, jaamahoone vastas; esialgu oli see puitmajake, kuid orienteeruvalt 1960-ndatel asendati seda telliskivihooneks.
Aastal 1946 seoses EM165 ning EM167 elektrirongide käikuandmisega olid reisijatele rajatud uued puitplatvormid kõrgusega 915 mm. Hiljem asendati neid raudbetoonist perroonidega mille kõrgust suurendati kuni 1100 mm.
Aastaks 1964 oli Tallinn - Pääsküla lõigul signalisatsioonivahendina rakendatud neljanäiduline täisautomaatblokeering. Tõenäoliselt samal ajal oli ooteplatvormide vahel paiknev ülesõit varustatud ülesõidu automaatsignalisatsiooniga.
1970-ndate alguses oli Kivimäe tänava ülesõit autotranspordi liikluseks suletud, 1980-ndate lõpuks tõkestati ala ka postidega.
2003-2004 aa. oli teostatud perroonide kapitaalremont, paigaldatud uued käigutrepid ja piirded ning invaliidide kaldtee.
Uus ooteplatvorm II tee ääres oli rajatud teleskooptugidel, mis võimaldas vajadusel muuta platvormi kõrgust.
Seoses Stadler FLIRT rongide käikuandmisega rajati aastal 2012 uued ooteplatvormid, mille kõrgus on vastavalt euroopa standardile 150 mm. Perroonide asukoht pole muutunud, kuid pikkus suurenes 150 meetrini.
JAAMAHOONE
Peatuskoha avamiseks oli piletikassana paigaldatud rööbasteelt mahatõstestud mahakantud kaubavagun.
Aastal 1930 oli Kivimäele toimetatud väike puitmajake, mis varem kulus Rahumäe jaamahoonena, nind veel varem raudteevahi patkana. Majake paigaldati kaubavaguni kõrvale ning sellisel kujul funktsioneeris jaamahoone aastani 1937.
Aasta 1937 novembriks ajutise ehitise asemele oli Hendrik Otloodi projekti järgi rajatud uus silikaattellistest jaamahoone, mille maksumus oli ligikaudu 14 tuhat krooni. Moodses hoones pindalaga 153 ruutmeetris paiknesid reisijate ootesaal mahtuvusega 50 inimest, väline rõdualus, piletikassa, tualettruumid ning ühe piletimüüja korter koos vajalikke abiruumidega.
Aasta 1997 maikuus tunnistati jaamahoone kultuurimälestiseks.
Piletimüük jaamahoone kassas lõpetati aasta 1998 kevadel ning järgnevatel aastatel seisis jaamahoone tühjana. Aasta 2003 veebruaris avati hoones kuni kuueaastastele lastele sisemänguväljak.
